暗号化に使用するプロトコルはコントロールコネクションと同じです

サーバーによっては暗号化でデータ転送を行った後に平文のデータ転送を行うと、コントロールコネクションが切断することがあります。 IsFileTransferEncrypted、IsListTransferEncryptedの片方のみ暗号化する設定や、接続中に暗号化の設定を変更することは避けたほうが無難です。